Apache embarque une directive qui permet de lancer une commande. Voici la’ doc avec exemple simpliste:
[utilisation de sslpassphrasedialog|http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/mod_ssl.html#sslpassphrasedialog|en]
Attention la’ directive doit se trouver dans le root context (hors du virtual host) donc pour gérer du multi host il faut faire un script qui parse les args reçus.