Créez un fichier prepareJML.sh et redéfinissez les *_HOME :

#!/bin/bash
echo "activation des chemins pour JML"
export JAVA_HOME=~/j2sdk1.4.2_12
export JML_HOME=~/JML
export JUNIT_HOME=~/junit4.1
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib:$JML_HOME/bin/jmljunitruntime.jar:$JML_HOME/bin/jmlmodels.jar:$JML_HOME/bin/jmlmodelsnonrac.jar:$JML_HOME/bin/jml-release.jar:$JML_HOME/bin/jmlruntime.jar:$JUNIT_HOME/junit-4.1.jar
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JML_HOME/bin:$PATH

ensuite il suffit de lancer:

$ source prepareJML.sh

et voila les chemins sont valides.

ps : on definit en dur les chemins des .jar JML car il ne parcourt pas les jar du répertoire bin…